احاطه وی در مهندسی مساحی تردید ندارد و بهترین نمونه که هنوز درمیان است، نخست تقسیم آب زاینده‌رود به محلات اصفهان و قرای مجاور رودخانه است که معروف است هیاتی در آن زمان از جانب شاه عباس به ریاست شیخ بهایی مامور شده و با منتهای عدالت و دقت علمی حقآبه هر ده و آبادی و محله و بردن آب و ساختن مادی‌ها را تعیین کرده ‌است. طرح‌ریزی کاریز نجف‌آباد اصفهان نیز منسوب به او است که به نام قنات زرین‌کمر نامیده می‌شود و یکی از بزرگ‌ترین کاریزهای ایران است و از مظهر قنات تا انتهای آبخور آن ۹ فرسنگ است و به ۱۱ جوی بسیار بزرگ تقسیم می‌شود. حمام شیخ بهایی در اصفهان نیز از دیگر آثار این متفکر و دانشمند است